Bazylika, zbudowana według projektuIMG_9016 Witolda Cęckiewicza, kształtem przypomina okręt i kojarzy się ze współczesną „arką przymierza”, w której znajdują ocalenie wszyscy pokładający nadzieję w miłosierdziu Bożym. W prezbiterium za dużym kamiennym ołtarzem jest tabernakulum w kształcie kuli ziemskiej z zarysowanymi kontynentami, którą otacza targany silnymi wiatrami krzew, symbolizujący współczesny świat czy człowieka motanego różnymi prądami. W ten krzew nad tabernakulum wpisany jest obraz Jezusa Miłosiernego (pędzla Jana Chrząszcza), który przypomina, że w miłosierdziu świat znajdzie pokój, a człowiek szczęście – jak powiedział Ojciec Święty Jan Paweł II. Niektórzy w wystroju prezbiterium widzą raczej symbolikę gorejącego krzewu, z którego Bóg przemówił do Mojżesza; tak jak kiedyś Bóg przemówił do Mojżesza, tak w naszych czasach przemówił przez św. Siostrę Faustynę, przekazując prorockie orędzie Miłosierdzia dla Kościoła i świata.
Na ścianach oddzielających prezbiterium od nawy głównej umieszczono obraz Ostrobramskiej Matki Bożej Miłosierdzia (pędzla Jana Chrząszcza) i po drugiej stronie fragment aktu zawierzenia świata Miłosierdziu Bożemu, którego w tej bazylice dokonał Ojciec Święty Jan Paweł II (17 sierpnia 2002). Przy wejściu do bazyliki znajduje się kamień węgielny z Golgoty, poświęcony przez Ojca Świętego Jana Pawła II, oraz tablica upamiętniająca drugą pielgrzymkę Ojca Świętego Jana Pawła II do Łagiewnik i konsekrację bazyliki (17 sierpnia 2002).