Ambona..

Natomiast w 1578 r. starosta przemyski Jan Tomasz Drohojowski dobudował do lewej nawy renesansową kaplicę św. Tomasza, obecnie Najświętszego Sakramentu. Kolejne lata, z racji toczonych wojen, nie sprzyjały rozbudowie miasta i kościołów. Dopiero przemyski ordynariusz Aleksander Antoni Fredro rozpoczął wielki remont świątyni katedralnej, czyniąc z niej obiekt w stylu barokowym. Roboty rozpoczęto w roku 1728. W prezbiterium umieszczono potężny Wielki Ołtarz barokowy i nowe stalle, pozostawiając jednak gotycką konstrukcję wnętrza z pilastrami i żebrowaniami sklepienia. Natomiast w nawach wymieniono filary sklepienia, poszerzono okna, sprawiono barokowe ołtarze i konfesjonały, położono marmurową posadzkę, ściany i gzymsy pokryto jasną polichromią z bogatymi złoceniami. Wybudowano kaplicę grobową Fredrów przylegającą do południowej ściany świątyni, zmieniono także jej fasadę gdzie wymurowano barokowy portyk, poniżej którego umieszczono herb biskupa Fredry (Bończa).

Kiedy przebudowa dobiegała końca, przyszła katastrofa. W Niedzielę Zapustną 1733 r. po nabożeństwie runęło sklepienie niszcząc nowe filary oraz znajdujące się wewnątrz 62 stare grobowce i nagrobki. Podjęta natychmiast odbudowa kościoła ukończona została w 1743 r., a w 1744 r. biskup Hieronim Sierakowski poświęcił odbudowaną świątynię. Dużym przedsięwzięciem budowlanym zainicjowanym przez tego biskupa była także budowa wieży katedralnej , którą wówczas dociągnięto tylko do pierwszej kondygnacji (29 m).

Po pierwszym rozbiorze reformy józefińskie w dotkliwy sposób dały się odczuć katedrze. Dekretem z 1787 r. zmniejszono liczbę kanoników z osiemnastu na sześciu, zabrano wiele dóbr kapitule i biskupowi oraz większą część skarbu katedralnego. Nie zwracano uwagi na artystyczną i pamiątkową wartość przedmiotów, które na licytacji zakupione zostały jako kruszec w części użyty na wyrób pieniędzy w mennicy wiedeńskiej.cdn.