W latach 1737 i 1748 kościół franciszkański zniszczyły kolejne pożary. Został po nich w 1780 odbudowany już jako kościół barokowy według projektu Kazimierza Kamieńskiego. Gotyckie ostrołukowe okna zostały zamurowane, a nawę główną podwyższono – kościół ponownie stał się bazyliką. Gotyckie sklepienie zmieniono na kolebkowe. Górne partie fasady zostały oblicowane porządkiem toskańskim. Okna i gzymsy uzyskały lekko falującą formę. Ściany wewnątrz otynkowano i ozdobiono w stylu rokoko. Świadectwem gotyckiej przeszłości kościoła pozostały tylko skarpy, uskokowy, ceglany portal i wieżyczka komunikacyjna.