16 września 1939 kościół został zajęty przez wojska niemieckie a dom misjonarski przeznaczony na koszary policji. Kościół został sprofanowany, rozkradziono elementy wyposażenia. Przed wycofaniem się z Bydgoszczy, wojska niemieckie 19 stycznia 1945 podpaliły kościół.
dodane na fotoforum: