Kult maryjny zaczął rozwijać się intensywnie zwłaszcza od roku 1641, kiedy to umieszczono w kościele obraz Matki Bożej Kalwaryjskiej, podarowany bernardynom przez Stanisława z Brzezia Paszkowskiego, właściciela pobliskiej Kopytówki. Obraz ten uważa się za kopię obrazu Matki Bożej Myślenickiej, pędzla nieznanego malarza włoskiego z XVI wieku. Wizerunek ten z nakazu biskupa krakowskiego, Jakuba Zadzika, przeniesiono z kościoła do zakrystii, gdzie miał pozostawać do czasu wyjaśnienia jego cudownego charakteru. Okazało się jednak, że cieszył się nadal wielką czcią pątników, którzy otrzymywali wiele łask i dlatego władze kościelne, reprezentowane przez biskupa Tomasza Oborskiego, uznały go za łaskami słynący, zezwalając w roku 1658 na jego publiczną cześć i umieszczenie ponownie w kościele głównym, w ołtarzu św. Anny. W roku 1667 przeniesiono go do specjalnie w tym celu zbudowanej w latach 1658 - 1667 przez Michała Zebrzydowskiego kaplicy: „... szczególnie ujmująca jest dyskrecja, z jaką Matka Boża mieszka w swoim Sanktuarium. Właśnie, że mieszka w takiej bocznej kaplicy\" (Jan Paweł II w Kalwarii 7 VI 1979 r.). Obecność tego Obrazu sprawiła, że Kalwaria Zebrzydowska stała się ważnym ośrodkiem także kultu maryjnego (obok istniejącego tu dotychczas kultu pasyjnego) oraz wzrostu liczby pielgrzymów. 15 sierpnia 1887 roku wizerunek Kalwaryjski został uroczyście ukoronowany na tzw. Dolinie Jozafata, przed kościołem Grobu Matki Bożej, przez biskupa krakowskiego Albina Dunajewskiego w obecności wielotysięcznych tłumów pielgrzymów. Wydarzenie to spowodowało jeszcze większe ożywienie ruchu pielgrzymkowego.