Mieści się w zabytkowym po ewangelickim kościele pod wezwaniem św. Piotra i Pawła, jest to najstarszy helski budynek powstał na początku XV wieku i od 1525 roku do końca II wojny światowej był świątynią lokalnej Gminy Ewangelickiej.
Od 1972 roku jest oddziałem Narodowego Muzeum Morskiego w Gdańsku. W 2016 roku w budynku zakończono remont i wykonano nową aranżacje wystawy stałej.