Podczas II wojny światowej cmentarz ulegał stopniowej dewastacji. W 1942 roku na terenie nekropolii założono obóz koncentracyjny KL Plaszow. Praktycznie wszystkie macewy i nagrobki użyto do utwardzenia dróg i na podmurówki baraków.
W domu przedpogrzebowym urządzono stajnie dla koni i bydła oraz chlew. W międzyczasie, w budynku tym pracownicy krakowskiej gminy żydowskiej próbowali ukryć przedmioty liturgiczne z synagog, w tym zabytkowe zwoje Tory. Wkrótce jednak, rzeczy te wpadły w ręce hitlerowców i zostały wywiezione oraz częściowo zniszczone. Wraz z likwidacją obozu budynek został wysadzony w powietrze. Z netu
dodane na fotoforum: