Kościół św. Anny jest kościołem akademickim Uniwersytetu Jagiellońskiego, położonym w sąsiedztwie Collegium Medicum i Collegium Maius.
Pierwotny projekt kościoła zaproponowany przez architekta Tylmana z Gameren nawiązywał do planu rzymskiego kościoła San Carlo in Catinari, który był także inspiracją dla kościoła uniwersyteckiego paryskiej Sorbony. Ale profesorowie Akademii odrzucili projekt i zasugerowali Tylmanowi jako wzór plan kościoła San Andrea della Valle, który był pod opieką zakonu teatynów - konkurentów jezuitów, bowiem krakowscy uczeni chcieli budowlą kościoła akademickiego przyćmić krakowski kościół św. św. Piotra i Pawła zarządzany wtedy przez jezuitów. Tylman z Gameren zrobił nowy projekt, który został zaakceptowany.
W 1695 kościół stał w stanie surowym i nie miał jeszcze kopuły. W 1703 roku biskup Kazimierz Łubieński konsekrował kościół. Pod koniec XVIII w. wieże zyskały nowe, późnobarokowe hełmy projektu księdza Sebastiana Sierakowskiego, nawiązujące swoim kształtem do hełmu Wieży Zegarowej na Wawelu.