Obecnie w Collegium znajduje się Muzeum Uniwersytetu Jagiellońskiego, zawierające głównie przedmioty związane z dziejami uniwersytetu. W zbiorach muzealnych znajduje się zespół przyrządów astronomicznych, w tym także te, którymi posługiwał się Mikołaj Kopernik. Wśród eksponatów znajduje się bezcenne astrolabium arabskie z 1054 oraz tzw. Globus Jagielloński, który jest jednym z najstarszych globusów, na którym umieszczono nazwę Ameryka.