Budowę świątyni pod wezwaniem św. Karola Boromeusza (proj. Henryka Marconiego) przedsięwzięto w 1841 roku w związku ze wzrostem liczebności parafii. Budowę rozpoczęto na tak zwanym placu pod Lwem, w miejscu wcześniejszego targowiska. W konstrukcji i wystroju świątyni po raz pierwszy w Królestwie Polskim użyto odlewów żeliwnych.

Kościół nie był uszkodzony podczas kampanii wrześniowej, jedynie część zewnętrznych figur została ostrzelana, nie został uszkodzony także podczas powstania w getcie warszawskim. Po upadku powstania warszawskiego Niemcy podminowali kościół, ostatecznie jednak wysadzony został jedynie transept świątyni, i to dopiero 15 stycznia 1945 roku. Częściowo zniszczony kościół przetrwał w swojej zasadniczej bryle. Odgruzowywanie świątyni rozpoczęto już w 1946 roku, na zakończeniu nawy głównej zbudowano zaś ślepą ścianę oddzielającą przetrwałą część kościoła od zniszczonej. Rozebrano ją po zakończeniu prac restauracyjnych.
https://www.warszawa1939.pl/index.php?r1=chlodna_boromeusz&r3=0