Klasztor karmelicki skasowano zaraz po powstaniu styczniowym, a budynek przejęło seminarium duchowne, które w 1925 roku dobudowało w północnej części neoklasycystyczną bibliotekę wg projektu Konstantego Jakimowicza. Kościół nie został zniszczony podczas II wojny światowej, więc po jej zakończeniu, do czasu odbudowania katedry św. Jana, zastępował ją tymczasowo w tej funkcji nosząc miano prokatedry. W 2010 roku w kościele przeprowadzono prace konserwatorskie, a w latach 2014-2015 wyremontowano elewacje kościoła i zespołu klasztornego.