Do cenniejszych darów należy księgozbiór Golicyna z ponad 9000 tomów o historii Rosji, księgozbiór Czertkowa z ponad 300 starożytnymi rękopisami i korespondencją Iwana IV Groźnego z Andrzejem Kurbskim.
Muzeum przechowuje około 4,5 milionów eksponatów i 15 milionów kart dokumentów, co stanowi dwunastą część muzealnych zbiorów w Rosyjskiej Federacji. Zbiory dokumentują historię kultury wschodniej Europy i północnej Azji, od paleolitu do czasów współczesnych. Tylko 0,5% zbiorów jest udostępniana odwiedzającym.