Muzeum podczas II wojny światowej było poważnie uszkodzone. Różne naloty uszkodziły dach, jakkolwiek zbiory, przeniesione w bezpieczniejsze miejsce, pozostały w większości nieuszkodzone. Jednak podczas nalotu 3 lutego 1945 uległo zniszczeniu wschodnie skrzydło budynku, a wraz z nim zmiażdżone zostały kolekcje ssaków i szkielety wielorybów.