W 1880 r. na konferencji dyrektorów muzeów podjęto decyzję o wystawianiu w salach Museumsinsel wyłącznie eksponatów sztuki wysokiej, które w owych czasach pochodziły głównie z obszaru Europy i Bliskiego Wschodu.

W czasie II wojny światowej muzea zostały zniszczone w ponad 70%. Ich odbudowa rozpoczęła się w 1950 r., ale nie objęła najbardziej zniszczonego Nowego Muzeum, którego ruiny straszyły przez ponad 40 lat. Dopiero w 1987 r. podjęto decyzję o podjęciu niezbędnych prac zabezpieczających oraz restauracyjnych. Kompleksową renowację Wyspy Muzeów zaplanowano jeszcze przed 1989 r. Nie podjęto jednak żadnych prac z uwagi na ogromne koszty przedsięwzięcia. Dopiero po zjednoczeniu Niemiec, pod koniec lat 90. XX w. rozpoczęto kompleksowe prace restauracyjne oraz połączono kolekcje, rozdzielone przed 1989 r.