Wnętrze jest imponujące i zarazem niezwykle harmonijne. Prostokątne kapliczki i półkoliste nisze przeplatają się ze sobą. W pierwszej kaplicy znajdują się kości Perin del Vaga – uważanego za drugiego po Juliuszu Romano , wielkiego asystenta Rafaela . W pobliżu znajduje się grobowiec Baltazara Perruziego – wielkiego malarza i architekta.