20 października 1655 r. podpisano układ, który zawarli Radziwiłłowie (hetman litewski Janusz Radziwiłł i jego kuzyn koniuszy litewski Bogusław) z królem szwedzkim Karolem X Gustawem. Ów układ oddawał pod protekcję Szwecji całą Litwę i wraz z układem w Ujściu (wojewoda poznański Krzysztof Opaliński i wojewoda kaliski Andrzej Grudziński) przewidywał oddanie Szwecji Rzeczypospolitej. Plany te udaremniła skuteczna obrona Częstochowy przed Szwedami oraz powszechny "zryw" szlachty polskiej i chłopstwa przeciw skandynawskiemu najeźdźcy. Od przełomu XVIII/XIX wieku Kiejdany były własnością pułkownika napoleońskiego Stanisława Hutten-Czapskiego. 29 kwietnia 1831 w czasie powstania listopadowego miała miejsce bitwa pod Kiejdanami. Syn Stanisława, Marian Czapski, wybudował w Kiejdanach około 1850 roku rozległą rezydencję szlachecką z parkiem, która za udział w powstaniu styczniowym została mu przez Rosjan skonfiskowana, a on sam został zesłany na Syberię. Majątek Czapskich został przez Rosjan oddany rosyjskiemu generałowi Edwardowi Tottlebenowi.
W 1929 roku w kościele św. Józefa msze w języku polskim zastąpiono mszami w języku litewskim. Podczas II wojny światowej został całkowicie zniszczony pałac Czapskich z poł. XIX w.